Departamentas, siekdamas įvykdyti jam iškeltą uždavinį, atlieka šias funkcijas:
5.1. vykdo mokėjimus pagal Lietuvos Respublikos finansinės apskaitos įstatymo ir kitų teisės aktų reikalavimus;  
5.2. rengia įstaigų lėšų užsakymo ir tiesioginio išlaidų apmokėjimo paraiškas ir teikia jas Lietuvos Respublikos finansų ministerijos Valstybės iždo departamentui per Valstybės biudžeto, apskaitos ir mokėjimų sistemą bei rengia ir teikia mokėjimo nurodymus bankams; 
5.3. saugo apskaitos dokumentus teisės aktų, reglamentuojančių dokumentų valdymą, nustatyta tvarka;  
5.4. analizuoja ir apibendrina informaciją, susijusią su centralizuotai atliekama mokėjimų apskaitos funkcija, rengia ir teikia NBFC direktoriaus pavaduotojui, kuruojančiam finansinės apskaitos tvarkymo sritį, (toliau – NBFC direktoriaus pavaduotojas) pasiūlymus dėl Departamento veiklos tobulinimo;
5.5. teikia valstybės ir savivaldybių institucijoms, įstaigoms ir įmonėms, fiziniams ir juridiniams asmenims, kitoms organizacijoms ir jų padaliniams informaciją Departamento kompetencijos klausimais; 
5.6. atlieka kitas teisės aktuose nustatytas funkcijas.