Finansinės apskaitos departamentas, siekdamas įgyvendinti jam nustatytą uždavinį, atlieka šias funkcijas:
5.1. finansinės apskaitos srityje rašytinėje sutartyje, sudaromoje tarp NBFC ir įstaigos, kurios apskaita tvarkoma centralizuotai (toliau – Sutartis), ir Vyriausybės nustatyta tvarka ir apimtimi:
5.1.1. Parenka įstaigoms taikomą apskaitos politiką;
5.1.2. tvarko įstaigų finansinę apskaitą, įskaitant darbo užmokesčio skaičiavimą, pagal Lietuvos Respublikos finansinės apskaitos įstatymo ir kitų teisės aktų reikalavimus;
5.1.3. rengia įstaigų finansinių, biudžeto vykdymo ataskaitų rinkinius, įstaigų grupės konsoliduotųjų finansinių ir biudžeto vykdymo ataskaitų rinkinius ir kitas teisės aktuose, reglamentuojančiuose centralizuotą finansinės apskaitos atlikimą, ir Sutartyje nurodytas ataskaitas bei dokumentus;
5.1.4. teikia įstaigų finansinių ataskaitų rinkinių informaciją Viešojo sektoriaus apskaitos ir ataskaitų konsolidavimo informacinėje sistemoje (toliau – VSAKIS), atlieka įstaigų tarpusavio operacijų derinimo ir kitas įstaigos ar įstaigų grupės finansinių ataskaitų konsolidavimo proceso procedūras VSAKIS;
5.1.5. rengia įstaigų lėšų užsakymo ir tiesioginio išlaidų apmokėjimo paraiškas ir teikia jas Finansų ministerijos Valstybės iždo departamentui per valstybės biudžeto, apskaitos ir mokėjimų sistemą VBAM bei rengia mokėjimus bankuose;
5.1.6. saugo apskaitos dokumentus teisės aktų, reglamentuojančių dokumentų valdymą, nustatyta tvarka.
5.2. analizuoja ir apibendrina informaciją apie centralizuotą finansinės apskaitos funkcijų vykdymą, rengia ir teikia NBFC direktoriui pasiūlymus dėl veiklos tobulinimo;
5.3. teikia valstybės ir savivaldybių institucijoms, įstaigoms ir įmonėms, fiziniams ir juridiniams asmenims, kitoms organizacijoms ir jų padaliniams informaciją FAD kompetencijos klausimais;
5.4. atlieka kitas teisės aktuose ir sutartyse nustatytas finansinės apskaitos funkcijas.