Departamentas, įgyvendindamas jam nustatytą uždavinį, atlieka šias funkcijas:
5.1. padeda NBFC direktoriui organizuoti funkcijų atlikimą darbo užmokesčio apskaitos srityje rašytinėje sutartyje, sudaromoje tarp NBFC ir Įstaigos, ir Vyriausybės nustatyta tvarka ir apimtimi;
5.2. organizuoja Įstaigų darbo užmokesčio apskaitos procesą, rengia susijusių teisės aktų projektus ir kitus dokumentus;
5.3. analizuoja ir sistemina informaciją apie centralizuotos darbo užmokesčio apskaitos procesus;
5.4. užtikrina teisės aktų, susijusių su centralizuotai tvarkoma darbo užmokesčio apskaita, rengimą ir tobulinimą;
5.5. analizuoja centralizuotai tvarkomos darbo užmokesčio apskaitos gerąją praktiką, ją apibendrina ir teikia politiką šioje srityse formuojančioms institucijoms pasiūlymus dėl vykdomų procedūrų optimizavimo ir jų reglamentavimo tobulinimo;
5.6. skaičiuoja darbo užmokestį ir kitas su darbo santykiais susijusias išmokas, rengia jų mokėjimo žiniaraščius, atlieka išskaitas iš darbo užmokesčio;
5.7. rengia pranešimus, ataskaitas, pažymas, deklaracijas Valstybinio socialinio draudimo fondo teritoriniam skyriui, Valstybinei mokesčių inspekcijai prie Lietuvos Respublikos finansų ministerijos;
5.8. rengia ataskaitas Valstybės duomenų agentūrai ir kitoms institucijoms ir įstaigoms;
5.9. teikia darbo užmokesčio ataskaitas ir kitą su darbo užmokesčiu susijusią informaciją Lietuvos Respublikos finansų ministerijos Finansinės apskaitos departamentui;
5.10. rengia Įstaigų lėšų užsakymo ir tiesioginių išlaidų detaliąsias mokėjimo paraiškas ir per Viešojo sektoriaus finansinės apskaitos bendrąjį posistemį (FABIS) teikia jas NBFC Mokėjimų apskaitos departamentui;
5.11. saugo apskaitos dokumentus teisės aktų, reglamentuojančių dokumentų valdymą, nustatyta tvarka;
5.12. teikia valstybės ir savivaldybių institucijoms, įstaigoms ir įmonėms, fiziniams ir juridiniams asmenims, kitoms organizacijoms ir jų padaliniams informaciją Departamento kompetencijos klausimais;
5.13. organizuoja ir įgyvendina Departamentui priskirtos veiklos vidaus kontrolę, siekdamas užtikrinti ir gerinti šios veiklos kokybę bei didinti efektyvumą;
5.14. teikia metodinę pagalbą Įstaigoms;
5.15. rengia Departamento kompetencijai priskirtų funkcijų įgyvendinimo rekomendacijas ir gaires;
5.16. dalyvauja rengiant NBFC metinį veiklos planą;
5.17. atlieka kitas Lietuvos Respublikos įstatymais ir kitais teisės aktais, vidaus teisės aktais nustatytas funkcijas, NBFC direktoriaus, NBFC direktoriaus pavaduotojo pavestas užduotis Departamento kompetencijos klausimais.